CellRaft Cytometry™ — Bildzytometrie-Software für die Einzelzellanalyse
Softwaregestützte Entscheidung statt manuellem Picken: Sie legen fest, wie eine Zelle von Interesse aussieht — das System findet und gewinnt sie zurück.
Zellen über die Zeit verfolgen
Hinter der CellRaft® Technologie steht unsere Software, die die automatische Bildgebung und die Isolierung der CellRafts steuert. Entscheidend ist dabei CellRaft Cytometry™: Die Auswahl der interessierenden CellRafts trifft die Software. Über benutzerdefinierte Merkmale — von der Zellform über die Koloniegröße bis zur Fluoreszenzintensität — lassen sich genau die gewünschten Zellen oder Kolonien treffsicher bestimmen.
System und Software des CellRaft AIR® ergeben einen durchgehenden Arbeitsablauf: Biologinnen und Biologen können ihre veränderten Zellen begleiten, während daraus Kolonien werden. Auf dieser Grundlage lassen sich sehr unterschiedliche Anwendungen fahren, um die gewünschte Zelle aus dem CellRaft Array zu gewinnen.
Die Software bietet unter anderem:
- Lückenlose Verfolgung für eine bildgestützte Dokumentation
- Benutzerdefinierte Mehrparameter-Analyse (etwa Zeit, Morphologie, Phänotyp)
- Einfaches Anlegen von Vorlagen für die gewünschten CellRafts
- Eigene Teilpopulationen, um das Zellverhalten über die Zeit zu beurteilen
- Softwaregeführte Auswahl der CellRafts
- Automatische Zuordnung der CellRafts aus den Populations-Gates für die Isolierung
Mehrparameter-Analyse
Über frei wählbare Parameter lassen sich eigene Teilpopulationen bilden, nach denen die CellRafts eingeteilt werden. Im Beispiel unten werden Kolonien gesucht, die aus einer Einzelzelle hervorgegangen sind. Die Parameter lassen sich so setzen, dass CellRafts gefunden werden, die a) zum ersten Zeitpunkt eine Einzelzelle tragen, b) sich zum zweiten Zeitpunkt verdoppelt haben und c) zum dritten Zeitpunkt eine konfluente Kolonie enthalten.
Über die Zeit abbilden und zu jedem Zeitpunkt auswerten
Das System nimmt über die Zeit Momentaufnahmen der sich teilenden Zellen auf und liefert eine gefilterte Liste der CellRafts, die den Kriterien des Versuchs entsprechen. Nutzerinnen und Nutzer legen bestimmte Zellmerkmale fest und finden so einander überlappende Teilmengen von CellRafts. Mit CellRaft Cytometry ließen sich CellRafts finden, die zum ersten Zeitpunkt Einzelzellen trugen, zum zweiten Zeitpunkt sich teilende Zellen und zum dritten Zeitpunkt Zellen mit einer bestimmten Konfluenz. Über die Teilpopulationen lassen sich die drei Gruppen im Venn-Diagramm übereinanderlegen, um ihre Schnittmenge zu bestimmen (grüner Bereich in der Mitte). Das Beispiel unten zeigt einen Arbeitsablauf zur Zelllinienentwicklung, bei dem Kolonien aus Einzelzellen gesucht werden.
Eigene Kriterien in Echtzeit festlegen
Das Histogramm trägt die Pixelgröße jedes erkannten Bereichs von Interesse (AOI) über alle CellRafts des gescannten Arrays auf. Über die Schieberegler an der X-Achse lässt sich der gewünschte Flächenbereich für die AOI festlegen. Der grüne Bereich in der Kurve zeigt die getroffene Auswahl.
Einzelzellen zuverlässig erkennen
Eine einzelne Zelle auf einem CellRaft lässt sich mit CellRaft Cytometry ohne Weiteres erkennen (die weiße Kontur begrenzt den Bereich von Interesse).
Bildgestützte Phänotypisierung
Über die Fluoreszenzintensität ließen sich CellRafts mit klonalen, geninduzierten Kolonien leicht auffinden. Die Software schloss zugleich undichte Zellen aus, die schon vor der Induktion rote Fluoreszenz zeigten — so werden für die nachgelagerten Versuche nur die geeigneten Klone isoliert.
Seltene Populationen aufspüren
3T3-Zellen wurden mit blau fluoreszierendem Protein (BFP) ausgestattet. Die polyklonale Population exprimierte zusätzlich den humanen Oberflächenrezeptor HER-2. Die Färbung mit einem direkt konjugierten Anti-HER-2-Antikörper erfolgte auf dem Array (grün). Mit der Software ließen sich Einzelzell-Populationen zusammen mit Gates für blaue und grüne Fluoreszenz einrichten, um zu bestimmen, welche Rafts aus Einzelzellen hervorgegangene Kolonien trugen, die sowohl für HER-2 als auch für BFP positiv waren. Die Software fand die wenigen doppelt positiven Klone — in der ausgesäten Gesamtpopulation waren es nur 30. Näheres in der RaftNote.
Lebendfärbung direkt auf dem Array
Leberorganoid, gefärbt mit NucBlue für die Zellkerne (blau) und EpCAM für die Membran (grün). 2.500 Organoidfragmente wurden auf einem 3D-CellRaft-Array ausgesät. Die Software fand darunter die Organoide einer bestimmten Größe für Z-Stapel-Aufnahme und Isolierung.
